Фамилия Ильдеяркин — редкий случай, когда русская фамилия образована не от славянского, а от тюркского имени с помощью чисто русского суффикса. Основа здесь — Ильдеяр (варианты Ильдияр, Ильдар), распространённое у татар и башкир имя. Оно составное: «иль» (родина, народ) и «яр» (друг, близкий). В целом Ильдеяр переводится как «друг народа» или «любимец родины». Это имя давали с пожеланием мальчику стать уважаемым, полезным для своего народа человеком.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ильдеяркин буквально значит «чей? — Ильдеяркин», то есть сын, потомок или человек из семьи Ильдеяра. Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда в документах фиксировали прозвища и имена служилых людей, в том числе из татарской знати и мурз, переходивших на русскую службу. Фамилия закрепилась в тех регионах, где было тесное русско-тюркское пограничье: в Поволжье, на Урале, в Оренбуржье.

Можно встретить неверную версию, что Ильдеяркин связан с «илде» (тюрк. «в стране») или с «ярка» (яркий) — это лингвистически слабо, так как основа имени прозрачна и хорошо документирована в ономастических словарях (например, у Гафурова в «Имя и история» или в работах по татарской антропонимии). Интересно, что фамилия сохранила древнее имя без адаптации: в русском языке его не переделывали в более привычное Ильин или Ильюшкин, а оставили почти в исходном звучании.

Социально носители фамилии Ильдеяркин в XVIII–XIX веках чаще всего принадлежали к государственным крестьянам, реже — к однодворцам или мещанам. В дворянских родословных книгах эта фамилия не встречается: она осталась фамилией простонародья, что типично для поздних фамилий из тюркских имён, не успевших попасть в высшее сословие до закрепления крепостного права.