Фамилия Ильинец — один из тех редких случаев, когда перед нами не привычный суффикс принадлежности (-ов, -ин, -ский), а окончание -ец, указывающее на происхождение человека из определённого места или его связь с чем-то. В основе фамилии лежит каноническое мужское имя Илья, которое, в свою очередь, восходит к библейскому имени Eliyahu. Древнееврейское «Элийя́ху» переводится как «мой Бог — Господь», то есть «мой Бог — Бог истинный».

Ключевая особенность фамилии Ильинец — её словообразовательная модель. Суффикс -ец в русских фамилиях обычно работает как указатель на географию: «откуда родом». Например, «Ильинец» мог означать «человек из Ильина» — поселения, села или деревни с таким названием. Таких топонимов на Руси было немало: Ильино, Ильинское. Соответственно, человек, переселившийся из села Ильино, получал прозвище Ильинец, которое со временем закрепилось как фамилия.

Вторая, менее распространённая версия связывает фамилию напрямую с именем Илья, но с оттенком уважения или социального статуса. В XV–XVI веках, когда фамилии только начинали закрепляться и передаваться по наследству, полная форма имени (Илья, а не Ильюшка или Илька) чаще использовалась в среде знати или в семьях, пользовавшихся в своей местности большим авторитетом. Соседи уважительно звали такого человека полным именем, а его потомков — «Ильинцы», то есть «люди Ильи». В отличие от них, крестьяне и простые ремесленники чаще носили фамилии, образованные от обиходных, уменьшительных форм имени.

Таким образом, фамилия Ильинец могла появиться двумя путями: либо как «топонимическая» — по названию места жительства предка, либо как «патронимическая» — от полного имени уважаемого родоначальника. Обе версии правдоподобны, но первая (географическая) встречается в русской ономастике чаще, особенно для фамилий с суффиксом -ец, который изначально не был патронимическим.