Фамилия Илишко звучит на слух как украинская или белорусская, и это первое, что бросается в глаза: суффикс -к-о типичен для западно- и южнорусских земель, особенно для Украины. В русском языке такая модель чаще встречается в прозвищных фамилиях, где суффикс указывает на уменьшительность или принадлежность. Основа Илиш- — это, скорее всего, народная форма от канонического имени Илья. Илья, в свою очередь, восходит к древнееврейскому Элияху («мой Бог — Яхве»). Уменьшительные варианты этого имени в славянской среде многообразны: Ильюша, Илька, Илько, а Илишко — один из редких, но логичных вариантов, образованных с помощью суффикса -иш- (как в Степанишко, Гришко).

Если копнуть глубже, версия с именем Илья — самая прямая и правдоподобная. Однако стоит рассмотреть и альтернативу: основа могла произойти от прозвища, связанного с диалектным словом «илить» или «илиться» (в некоторых говорах — «спешить», «торопиться»). В этом случае Илишко — человек торопливый или суетливый. Но такая гипотеза слабая: слово «илить» крайне локально и не зафиксировано в широком употреблении, а фамилия встречается не только в узком ареале. Поэтому версия с именем Илья остаётся основной.

Географически фамилия Илишко чаще всего встречается на западе Украины — в Волынской, Ровенской, Львовской областях, а также в приграничных районах Беларуси и Польши. В России она редка, и если встречается, то, как правило, у потомков переселенцев с Украины или из Беларуси. Это подтверждает и характерный суффикс: в центральной России фамилию на -ко обычно адаптировали бы в Илишков, но она сохранилась в исходной форме, что говорит о позднем оформлении или сохранении региональной традиции.

Социальный контекст прост: носитель такой фамилии в XVII–XIX веках, скорее всего, был крестьянином или мещанином. Дворянские роды с окончанием на -ко в этой форме почти не встречаются — они обычно оканчивались на -ский или -ович. Илишко — это фамилия-прозвище, данная по имени отца или деда, без претензий на знатность. В документах она могла писаться как Илишко, Илишка или даже Елишко (под влиянием аканья).

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Илишко стоит в одном ряду с Ильченко, Ильюшенко, Илькевич, но отличается именно формой на -ишко, которая ближе к белорусской традиции (ср. Гришко, Мишко). Это редкий вариант: в словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные формы упоминаются как характерные для юго-западных говоров, но без отдельного разбора. Так что Илишко — не массовая, а локальная фамилия, которая без труда поддаётся этимологии, но сохраняет колорит своего региона.