Фамилия Иникеев — редкий пример тюркского наследия в русском именослове. В основе лежит мужское личное имя Инике (или Иниш), которое восходит к древнетюркскому слову ini — «младший брат», «младший родственник». В татарской и башкирской среде такое имя давали младшему сыну или ребёнку, подчёркивая его положение в семье. Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от отчества: Иникеев буквально значит «сын Инике».

Способ образования у фамилии стандартный: к тюркской основе добавили русский патронимический суффикс. Это говорит о том, что носители фамилии — выходцы из татарских или башкирских родов, которые в XVI–XIX веках переходили на русские фамильные формы. Чаще всего такие фамилии встречаются у потомков служилых татар, которые после присоединения Казанского и Астраханского ханств поступали на русскую службу. Позже часть Иникеевых могла обрусеть и раствориться в дворянских или крестьянских сословиях Поволжья.

Географически фамилия тяготеет к Оренбуржью, Татарстану и Башкортостану. Встречается и написание Инишеев — с чередованием к/ш, характерным для тюркских диалектов. Вариант с -ов (Иникеев) фиксируется реже, чем с -ев, что делает его более локальным.

Сравните с однокоренными фамилиями: Инишев, Инешев, Иников. Все они образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Иникеев выделяется среди них именно формой на -еев, которая типична для имён на мягкий согласный. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не упоминается — она остаётся за пределами массового списка, что подтверждает её редкость и узкую региональную привязку.