Фамилия Инкеев — редкий пример, где основа, скорее всего, тюркская, а суффикс — русский, адаптировавший имя или прозвище для славянской системы фамилий. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Инкеев, то есть сын или потомок человека по имени Инкей.

Самая вероятная версия происхождения — от тюркского имени Инкей. В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, имя Инкей могло быть уменьшительно-ласкательной формой от более длинных имен, начинающихся на Ин- (например, Инсаф, Индус). Корень «ин» в некоторых тюркских наречиях связан с понятием «метка», «знак», но в данном контексте он, скорее всего, просто часть личного имени. В пользу тюркского происхождения говорит и то, что фамилия Инкеев почти не встречается в центральных и северных областях России, зато изредка фиксируется в Поволжье и на Урале — в зоне активного русско-тюркского контакта.

Менее распространенная гипотеза — связь с калмыцким именем Энке, где звук «э» при заимствовании мог перейти в «и». Однако это лишь предположение: документальных подтверждений массового бытования фамилии в Калмыкии нет.

Словообразовательная модель проста: основа Инкей (имя) + русский патронимический суффикс -ев. В документах XVII–XIX веков, когда фамилии только закреплялись, носитель мог записываться как «Инкеев сын» или просто «Инкей». Позже суффикс стал неотъемлемой частью.

Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Инкеев стоит особняком: нет массового гнезда «Инк-» фамилий вроде Инкиных или Инкеновых. Это дополнительно указывает на единичное, а не родовое прозвище в основе. Предок носителя фамилии, вероятно, был крещеным татарином или башкиром, либо русским, получившим тюркское прозвище за особенности характера или внешности (например, за смуглость или восточные черты лица).

Сословная принадлежность по фамилии не определяется: Инкеевы могли быть и крестьянами, и мещанами. В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается редко, что подтверждает её локальный и немногочисленный характер.