Фамилия Ионанов — редкий пример, где библейское имя дало не стандартную русскую форму, а почти дословную греческую. В основе лежит имя Иона (греч. Ἰωνᾶς) — ветхозаветный пророк, которого, по преданию, проглотил кит. В русской традиции имя закрепилось в форме «Иона», а фамилии от него обычно образовывались через суффикс -ин: Ионин. Но здесь иной механизм.

Суффикс -анов указывает на греческое происхождение модели. В греческой ономастике фамилии на -анос (-ανος) нередко образовывались от имён собственных, и через церковную среду (священники, монахи) такие формы могли перейти в русский быт. «Ионанов» буквально значит «сын Ионы» или «принадлежащий Ионе» — по греческому образцу, а не по славянскому. Это характерно для фамилий духовного сословия: при поступлении в семинарию ученикам часто меняли фамилию на «благозвучную», взяв за основу имя святого или праздника. Так Ионанов мог появиться у выходца из семьи, где отца звали Иона, или как искусственная семинарская фамилия.

Вторая версия, более прозаичная, — фамилия могла возникнуть в среде греческого или южнославянского населения, переселившегося в Россию. В таком случае суффикс -анов — калька с греческого окончания, адаптированная под русскую грамматику. Но для русского уха такая форма звучит непривычно, поэтому носителей фамилии крайне мало.

Географически Ионановы встречаются единично, преимущественно в центральной России и на юге, но без выраженного ареала. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта форма не упоминается как типичная — скорее как исключение. Если сравнивать с однокоренными: Ионин — стандартная русская фамилия (суффикс -ин), Ионов — от имени Ион (греч. Ἴων, другое имя), а Ионанов стоит особняком, сохраняя редкий след греческого влияния на русскую фамильную систему.