Фамилия Ионанова — редкий случай, когда перед нами не отчество от имени, а отчество от отчества. В её основе лежит мужское имя Ионан, которое в русской традиции почти не встречается, но хорошо известно в западноевропейских языках как Ионан или Джонан — вариант библейского имени Иоанн (Иван). Однако напрямую к имени Иван фамилию не возводят: между ними стоит промежуточное звено, и это делает модель образования необычной.

Суффикс -ов- указывает на принадлежность: Ионанов — «сын Ионана». Но женская форма Ионанова, которая сегодня так распространена в паспортах, исторически означала «жена Ионанова» или «дочь Ионанова». Мужской вариант фамилии — Ионанов — практически не сохранился; носительницы с окончанием -а встречаются чаще, что говорит о том, что фамилия закрепилась в женском роде.

Сам корень Ионан- восходит к древнееврейскому Йоханан («Яхве помиловал»). В русском языке это имя могло попасть через польское или украинское посредничество, где форма Ионан (Jonan) бытовала у католиков и униатов. Поэтому географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи — Беларуси, Украине, а также к старообрядческим общинам, которые иногда использовали редкие календарные имена.

Встречается и версия, что Ионанова — это не отчество, а матроним, то есть образование от женского имени Ионана (греческая форма Иоанны). Но такое объяснение менее вероятно: в русской ономастике матронимы на -ов встречаются редко и только в тех случаях, когда женское имя было более значимым, чем мужское.

С точки зрения социальной истории, предки современных Ионановых скорее всего были крестьянами или мещанами, потому что дворянские фамилии с таким редким корнем почти не фиксируются. Фамилия не получила широкого распространения — в дореволюционных справочниках она встречается единично, а после революции могла исчезнуть или измениться под влиянием унификации написания.

Таким образом, Ионанова — это фамилия-отчество от западнорусской или польской формы библейского имени, сохранившаяся в основном в женском варианте и указывающая на региональное происхождение рода.