Фамилия Ипатенков (а также её вариант Ипатёнков) образована от мужского крестильного имени Ипатий, которое в переводе с греческого означает «высочайший». В народной речи полное имя сократили до более удобных форм — Ипат и Ипатя. Именно от этих производных и пошли две ветви фамилии.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе Ипат- или Ипат'- (с мягким знаком на конце) добавили суффикс -енк-, который в русских фамилиях указывает на родство — «сын Ипата» или «потомок Ипати». Окончание -ов закрепило фамилию в мужском роде. Такой суффикс (-енко) типичен для украинских и южнорусских фамилий, что даёт намёк на географию: предки носителя фамилии могли жить на границе великорусских и малороссийских земель, например, в Курской, Белгородской или Воронежской губерниях.

В отличие от фамилий на -ин (Ипатьин) или -ов (Ипатов), форма Ипатенков встречается реже и несёт отпечаток уменьшительной, почти домашней основы. Если Ипатов — это напрямую «сын Ипата», то Ипатенков добавляет дополнительную ступеньку: сначала имя Ипат смягчили до Ипатя, а уже от этого ласкательного варианта образовали отчество. Такая цепочка говорит о том, что в быту человека звали не строго по полному имени, а по-свойски, и это прозвище закрепилось за его детьми.

Таким образом, Ипатенков — фамилия, возникшая из народной формы церковного имени. Её носители — потомки человека, которого в кругу семьи или соседей называли Ипат или Ипатя, а для официальных записей потребовалось указать, чей он сын.