Фамилия Ипатенковы (и её вариант Ипатёнковы) — не единичное явление, а целое гнездо однокоренных фамилий. Искать их общий корень нужно в церковном имени Ипатий. С греческого оно переводится как «высочайший» — эпитет, который в христианской традиции закрепился за несколькими святыми, в том числе за священномучеником Ипатием, епископом Гангрским.

В быту полное церковное имя сокращали. Отсюда и пошли разные ветви: Ипат, Ипатка, Ипатя. Именно с этими производными формами и связано происхождение фамилии. Ипатенков — это буквально «потомок Ипата». Суффикс -енков характерен для южнорусских и украинских земель, где фамилии часто образовывали по схеме: имя отца (Ипат) + -енко (сын Ипата), которое затем обрусело в -енков. В то время как вариант Ипатёнков отсылает к форме Ипатя, а суффикс -ёнков указывает на ту же модель «чей сын», но уже с другим произношением основы.

О точном месте и времени возникновения этих фамилий говорить сложно: процесс формирования фамилий был длительным, а документальные свидетельства по крестьянским и мещанским родам часто скудны. Однако ясно, что носитель фамилии Ипатенков — потомок человека по имени Ипат (или Ипатий), который жил, скорее всего, в зоне влияния южнорусской ономастической традиции. Сама фамилия — не просто наследственное имя, а живая связь с крестильным именем предка, уходящим корнями в раннехристианскую культуру.