Фамилия Ипатёнкова ведет начало от мужского крестильного имени Ипатий (в переводе с греческого — «высочайший»). В основу фамилии легла его народная, уменьшительная форма — Ипатя. Такое имя-прозвище было распространено в простонародной среде, поэтому, скорее всего, основатель рода Ипатёнковых был выходцем из рабочей или крестьянской среды.

При разборе фамилии обращает на себя внимание суффикс -ёнк-. В русской ономастике он характерен в первую очередь для украинской и южнорусской модели образования фамилий. Если фамилия Ипатов (от полной формы имени) встречается повсеместно, то вариант Ипатёнков, с суффиксом -ёнок/-ёнк, указывает на более конкретную географию: такие фамилии массово фиксировались на территории бывшей Слобожанщины и в южных областях России. Первоначально суффикс -ёнок означал «маленький, сын того, кто назван в корне»: Ипатёнок — сын Ипати. Со временем форма закрепилась как фамилия, и в русском языке к ней добавился стандартный суффикс -ов, что дало современное окончание -ёнков.

Таким образом, потомок человека по имени Ипатя со временем получил фамилию Ипатёнков. Сейчас она бытует в форме женского рода Ипатёнкова. По сравнению с более частотными однокоренными фамилиями (Ипатов, Ипатьев) вариант Ипатёнков встречается реже и несет в себе отчетливый след своего регионального происхождения.