Мужское крестильное имя Ипатий в переводе с греческого означает «высочайший». В основу прозвища легла производная форма имени — Ипатя. Скорее всего, основатель рода Ипатёнковых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ипатя, со временем получил фамилию Ипатёнков.