Фамилия Ипатенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Ипатий. Ипат — это просторечный вариант крестильного мужского имени Ипатий, которое в переводе с греческого означает «высочайший». Поэтому Ипатенко буквально понималось как «сын Ипата».