Фамилия Ипатов образована от крестильного имени Ипатий (разговорная форма — Ипат). В переводе с греческого это имя означает «высочайший» или «высокий». В православной традиции известно семь святых с таким именем, а самый знаменитый носитель — Ипатий Поцей, проповедник и сторонник унии западной и восточной церквей. Однако есть и вторая версия происхождения: ипатом в народе называли градоначальника. Если так, то фамилия указывает не на имя, а на род занятий предка — он мог быть городским начальником или чиновником.

Суффикс -ов в фамилии Ипатов — типичный патронимический (отцовский). Он показывает, что прозвище или имя родоначальника перешло к потомку по модели «чей?» — «Ипатов». Такая словообразовательная модель — самая распространённая в русских фамилиях, особенно в центральных и южных регионах.

В архивных записях фамилия встречается с XIX века. Например, в Книге памяти Курганской области упомянут Ипатов Вячеслав Семёнович, родившийся в 1878 году в деревне Песьяно Частоозерского района. Из документов Томской области известен Ипатов Александр Дмитриевич (1871 года рождения), проживавший в Алтайском крае, Шипуновском районе. Эти записи подтверждают, что фамилия была распространена в Сибири и на Урале среди крестьян и мещан.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «ипат» закрепилось именно как прозвище для важного, властного человека — не обязательно градоначальника, но того, кто «держит верх». Поэтому вторая гипотеза (от прозвища) не менее правдоподобна, чем первая (от имени). Спор между ними решается только конкретной историей рода: если в семье сохранилось предание о предке-чиновнике, скорее всего, верна прозвищная версия; если нет — имя Ипатий.