Фамилия Ипатий происходит от редкого канонического имени, которое в святцах носил епископ Гангрский. С греческого «Ипатий» переводится как «высокий», что могло закрепиться за носителем и как прозвище по росту, и как указание на высокое положение. В отличие от более частых фамилий на -ов или -ин, здесь мы видим форму чистого имени без суффикса — такие случаи в русской ономастике редки и обычно говорят о книжном, церковном происхождении.

История святого покровителя этого имени известна по житию: священномученик Ипатий, епископ Гангры в Малой Азии, участвовал в осуждении ереси, а на обратном пути из Константинополя подвергся нападению. Еретики изранили его мечами и бросили в болото, тело спрятали в пещере, где его нашёл крестьянин. Опознав епископа, он сообщил в Гангры, и мощи Ипатия прославились чудотворной силой. Именно эта связь с раннехристианским мучеником, а не с крестьянским бытом, и подсказывает социальный контекст фамилии.

Скорее всего, основатель рода Ипатий был человеком из знатного или духовного сословия. В крестьянской среде такие прямые, неадаптированные формы имени почти не встречались — их давали либо в монашестве, либо в среде, где греческая образованность была нормой. Фамилия могла закрепиться за потомками священника или за выходцем из духовного звания, носившим редкое имя в честь святого. Встречается она преимущественно в центральных губерниях России и на юге, где влияние греческой церковной традиции было сильнее.