Фамилия Ипатко — характерный пример украинской модели фамилий на -ко, которая в XVI–XVII веках была особенно распространена на Правобережье и в Запорожье. Такие фамилии изначально указывали на родство: Ипатко значило «маленький Ипат» или «сын Ипата». Со временем суффикс утратил уменьшительный оттенок и закрепился как фамильный.

В основе лежит имя Ипат — просторечная форма канонического Ипатий. Греческое имя Ипатий (Ὑπάτιος) означает «высокий», «консульский», от слова «гипатос» — высший. В православных святцах известен священномученик Ипатий Гангрский, епископ в Малой Азии IV века. Он участвовал в осуждении ереси, а по дороге из Константинополя был убит мечами и брошен в болото. Тело, спрятанное в пещере, нашёл крестьянин, после чего мощи прославились чудесами.

Фамилия Ипатко встречается преимущественно в западных и центральных областях Украины — на Волыни, в Подолье и на Черниговщине. В России она редка, чаще в форме Ипатов. Украинский суффикс -ко отличает её от русских патронимов на -ов: если Ипатов — «принадлежащий Ипату», то Ипатко — «сын Ипата», с более личным, семейным оттенком.

Иногда фамилию связывают с диалектным «ипать» — напрягать, тянуть, но это вторичная народная этимология. Основная и надёжная версия — от имени Ипат.