Ипатко — это просторечный вариант крестильного мужского имени Ипатий, которое в переводе с греческого означает «высочайший». Скорее всего, основатель рода Ипатковых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ипатко, со временем получил фамилию Ипаткова.