Фамилия Ипаткова образована от имени собственного и относится к распространённому типу русских фамилий. В её основе лежит просторечная форма крестильного мужского имени Ипатий. Само имя Ипатий происходит от греческого слова «ипатос», что означает «высочайший», «верховный». В святцах оно почитается в память нескольких раннехристианских святых, в том числе священномученика Ипатия, епископа Гангрского.

На Руси полное имя Ипатий встречалось нечасто, зато его уменьшительная форма Ипатко была широко распространена в простонародной среде. Именно от неё и пошла фамилия. Суффикс -к- в имени указывает на обиходный, «домашний» вариант, характерный для речи крестьян и посадских людей. Поэтому можно с уверенностью сказать, что основатель рода Ипатковых был человеком из простого сословия, которого в быту звали Ипатко.

Фамилия закрепилась по стандартной патронимической модели: «чей?» — Ипатков, то есть сын, внук или потомок Ипатка. Окончание -а в современной форме Ипаткова указывает на женскую линию или принадлежность к роду в целом. Среди однокоренных фамилий встречаются Ипатов и Ипатьев, но Ипаткова отличается именно редким суффиксом -к-, который подчёркивает народное, нецерковное происхождение прозвища.

В географическом плане фамилия встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Ростовской области и Краснодарском крае, что косвенно подтверждает её связь с крестьянскими и казачьими родами. Таким образом, потомок человека, которого звали Ипатко, со временем получил фамилию Ипаткова, сохранив в ней память о предке с высоким по смыслу, но простонародным по звучанию именем.