Фамилия Ипаткин — из числа тех, что хранят в себе память о древнем крестильном имени. В её основе лежит форма Ипатка, производная от канонического имени Ипатий. Греческое слово, от которого оно произошло, означало «высокий», что могло восприниматься и как «высокий по положению», и как «возвышенный духом».

Церковное имя Ипатий давали в честь священномученика Ипатия, епископа Гангрского. Житие рассказывает, что он участвовал в осуждении ереси, а на обратном пути из Константинополя его подстерегли и жестоко изранили еретики. Тело бросили в болото, а потом спрятали в пещере. Нашёл его простой крестьянин, и вскоре мощи прославились чудесами. Эта история придаёт имени вес — его носители в народе часто считались находящимися под особым покровительством.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Ипаткин — это «сын Ипатки» или «человек из дома Ипатки». В русском языке так образовывались фамилии от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Модель простая и древняя, характерная для северных и центральных областей России.

Документы сохранили несколько конкретных Ипаткиных из разных слоёв. В Книге памяти Московской области есть запись о рыболове Агее Васильевиче Ипаткине 1888 года рождения из села Глядино Орловской губернии. Там же упомянут рабочий Василий Иванович Ипаткин (1901 г.р.) из деревни Гремячка Скопинского района. А в Краснодарском крае записана Ольга Селиверстовна Ипаткина 1893 года, жившая на станице Ильинской. Эти разрозненные сведения показывают, что фамилия встречалась и у крестьян-единоличников, и у сельских рабочих, и у казачьего населения Кубани.

География фамилии — Орловщина, Подмосковье, Кубань — указывает на центральнорусские корни. Имя Ипатий в народной среде часто сокращали до Ипат или Ипатка, поэтому Ипаткины могли появиться независимо в разных волостях. Сейчас фамилия редкая, но её носители есть в нескольких регионах России, и каждый из них связан с этой цепочкой: греческое «высокий» → имя святого → деревенское прозвище → фамилия.