Фамилия Ипатова — женская форма распространённой русской фамилии Ипатов. В её основе лежит крестильное имя Ипатий (от греческого «ипсатос» — высочайший). В повседневной речи имя быстро сократилось до формы Ипат, которая и стала прозвищем. Так называли человека невысокого происхождения: скорее всего, основатель рода был выходцем из рабочей или крестьянской среды.

Есть и вторая версия. Слово «ипат» в Византии и Древней Руси означало «градоначальник» или высший сановник. Если принять эту гипотезу, прозвище указывало на должность и социальный статус предка. Обе версии не противоречат друг другу: имя Ипатий и титул «ипат» восходят к одному греческому корню.

Сама фамилия образована по стандартной для русского севера и центра модели: к основе Ипат- добавился суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Ипатов). Со временем форма закрепилась как наследственная. В женском варианте фамилия склоняется, но при этом сохраняет ударение на втором слоге: Ипа́това.

Однокоренных фамилий немного: Ипатьев (от полной церковной формы имени), Ипашин, Ипаткин. Редкий суффикс -атов отличает Ипатову от более частотных фамилий на -ов; это указывает на то, что основа Ипат воспринималась как полное, а не уменьшительное имя.