Фамилия Ипатьев образована от крестильного мужского имени Ипатий. В переводе с греческого оно означает «высочайший». Скорее всего, основатель рода был уважаемым человеком либо представителем знатного сословия. Фамилии, образованные от полной формы имени, имела в основном социальная верхушка или семьи, пользовавшиеся в данной местности большим авторитетом — соседи уважительно звали их полным именем, в отличие от других сословий, которых обычно называли уменьшительными или обиходными формами. Таким образом, потомок человека по имени Ипатий со временем получил фамилию Ипатьев.

Модель образования простая и типичная для русской ономастики: суффикс -ев присоединялся к основе имени, оканчивающейся на мягкий согласный. В данном случае это Ипатий → Ипатьев. Такая модель указывает на принадлежность к роду («чей?» — «Ипатьев сын»).

Интересно, что имя Ипатий в русской традиции встречалось нечасто, но оставило заметный след в топонимике и истории. Самый известный пример — Ипатьевский монастырь в Костроме, где в 1613 году призвали на царство Михаила Романова. Монастырь назван не по фамилии, а по имени своего основателя — татарского мурзы Чета, в крещении Захария, чей сын носил имя Ипатий. Эта связь с ключевым событием русской истории могла повлиять на распространение фамилии среди духовенства и купечества в костромских и галичских землях.

Встречаются и альтернативные написания — Ипатов, Ипатьевский. Первое образовано от той же основы, но через суффикс -ов, что говорит о другом говоре или более поздней канцелярской фиксации. Второе — типичная семинарская фамилия, искусственно созданная от названия монастыря.

Не стоит искать в фамилии Ипатьев прямого указания на дворянское происхождение. Принцип «полное имя = знатный род» работает в основном для XV–XVII веков, когда фамилии только закреплялись. В более позднее время Ипатьевыми могли стать и крестьяне, получившие фамилию по имени отца при переписях.