Фамилия Исаакиди — редкий для России пример фамилии, образованной по греческой модели. Её основа — крестильное имя Исаакий (древнееврейское Ицхак, «смех»), а суффикс -иди указывает на происхождение: в греческой ономастике фамилии на -иди, -ади, -уди означают «сын такого-то» или «принадлежащий роду такого-то». По сути, Исаакиди — это «сын Исаака» или «из рода Исаака».

Наибольшее распространение фамилия получила среди греков, переселившихся в Российскую империю и СССР. Основной поток греческих фамилий на -иди пришёлся на XIX — начало XX века, когда греки (понтийские, малоазийские, крымские) оседали в Причерноморье, на Кубани, в Грузии и Донбассе. Поэтому предки носителя фамилии Исаакиди с высокой вероятностью были греками-понтийцами или греками из Малой Азии, которые сохранили родовое имя и суффикс, указывающий на кровное родство.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые закрепились за крестьянами и мещанами, греческие фамилии на -иди не несли сословной окраски — их носили и священники, и торговцы, и ремесленники. Исаакий — имя нескольких раннехристианских святых, в том числе преподобного Исаакия Далматского, поэтому фамилия могла возникнуть и в среде греческого духовенства. Однако в бытовом значении она просто указывала на отца или деда по имени Исаакий, без намёка на профессию или прозвище.

В России фамилия Исаакиди встречается крайне редко, преимущественно в Краснодарском крае, Ростовской области и Москве — местах компактного проживания греческой диаспоры. Из-за малочисленности носителей фамилия почти не попала в массовые справочники, и её происхождение приходится восстанавливать через греческую словообразовательную модель и историю миграций.