Фамилия Исаичкины — один из тех случаев, когда фамилия строится не от полного церковного имени, а от его домашней, обиходной формы. В основе лежит имя Исайя (древнееврейское «спасение Господне»), которое в русской бытовой среде сократили до «Исаич», а затем добавили ласкательный суффикс -к-, получив «Исаичка». Именно от этой просторечной формы и образована фамилия при помощи типичного русского суффикса принадлежности -ин: Исаичка → Исаичкин, а во множественном числе — Исаичкины.

Такая модель образования (от уменьшительно-ласкательного варианта имени) встречается реже, чем фамилии от полного имени или отчества. Она указывает на то, что предок носителя фамилии был в своей среде известен не как «Исайя» официально, а именно как «Исаичка» — так его называли в семье или в деревне. Потомок такого человека получал фамилию, которая буквально отвечала на вопрос «чей?»: сын Исаички.

Имя Исайя — библейское, принадлежащее одному из великих пророков Ветхого Завета, предсказавшему рождение Мессии. На Руси это имя давали в честь святого, веря, что оно принесет ребенку покровительство и светлую судьбу. Вторая версия, связывающая фамилию с именем Исаак («смеющийся»), менее правдоподобна: хотя оба имени начинаются одинаково, суффиксальная цепочка «Исаичка» прямо выводится из Исайи, а для Исаака естественнее были бы формы Исаачка или Исакович.

Фамилия Исаичкины — не самая распространенная, что типично для фамилий, образованных от редких или сугубо разговорных вариантов имен. Встречается она преимущественно в центральных и южных регионах России, где оседлое крестьянское население дольше сохраняло старые формы имен. Суффикс -их-/-ых, если говорить о форме «Исаичкины» (во множественном числе), характерен для фамилий северных и северо-восточных областей, но здесь он, скорее всего, поздний — фамилия могла бытовать в единственном числе (Исаичкин), а в форме множественного числа закрепилась при переписях как обозначение целой семьи или рода. О точном времени возникновения говорить сложно: процесс закрепления фамилий у крестьян завершился в основном к концу XIX века, и именно тогда форма «Исаичкин» могла окончательно записаться в документах.