Фамилия Исайченков образована от имени Исайя, которое в переводе с древнееврейского означает «спасение Господне». В основе фамилии лежит не полная, а разговорная форма этого имени — Исай. Такой способ словообразования типичен для русских фамилий: полное церковное имя давали при крещении, а в быту использовали его сокращённый вариант, который и становился основой для фамилии.

Суффикс -енк(ов) указывает на украинское или белорусское происхождение. В этих землях суффикс -енко означал «маленький» или «сын» (Исайченко — сын Исая). Когда носители такой фамилии переселялись в великорусские губернии, её нередко русифицировали, добавляя окончание -ов. Так Исайченко превратился в Исайченкова. Встречаются и другие варианты написания — Исайченко, Исаенков, Исаенко, но все они восходят к одному корню.

Имя Исайя в православной традиции связано с ветхозаветным пророком, известным своими пророчествами о Мессии. Однако в народной среде это имя не было столь популярным, как, например, Иван или Пётр. Поэтому фамилия Исайченков встречается нечасто и имеет выраженную региональную привязку — её носители с большей вероятностью происходят из юго-западных областей Российской империи, где были сильны украинские говоры.

В отличие от многих фамилий, образованных от имён святых, Исайченков не получил широкого распространения среди дворянства или духовенства. Скорее всего, предки носителя этой фамилии были крестьянами или мещанами. Фамилия закрепилась в тех местах, где имя Исай (Исайя) было в ходу у простого люда, а не только в церковных святцах.