Крестильное мужское имя Исайя в переводе с древнееврейского языка означает «спасение Господне». От этого имени было образовано множество производных форм, одна из которых — Исей — и легла в основу фамилии. Скорее всего, основатель рода Исеевых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Исей, со временем получил фамилию Исеева.