Фамилия Исеева образована от мужского имени Исей — одной из простонародных, сокращённых форм библейского имени Исайя. В переводе с древнееврейского Исайя означает «спасение Господне», но в русской бытовой среде это высокое значение стёрлось: имя воспринимали как обычное крестильное и свободно укорачивали. Модель типична для русских фамилий: суффикс -ев присоединяли к основе, оканчивающейся на -й (Исей → Исеев), чтобы указать на принадлежность — «сын Исея» или «из семьи Исея». Женская форма Исеева по правилам русского языка возникла как вариант для замужних женщин и дочерей.

Скорее всего, основатель рода Исеевых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. В документах XVII–XIX веков имя Исей встречается в основном среди посадских людей, крестьян и низшего духовенства — то есть среди тех слоёв, где фамилии закреплялись через отчество далеко не сразу. Фамилия не относится к числу аристократических или «столбовых»: её носители, как правило, не владели поместьями, а получали фамилию по отцу уже после отмены крепостного права или при переписях.

Географически фамилия Исеева тяготеет к Поволжью и южным регионам России, хотя отдельные ветви встречаются и в центральных областях. Интересная деталь: в тюркоязычных регионах, например в Башкортостане или Татарстане, фамилию могли записывать иначе — через «Исеев», но в русской традиции женская форма закрепилась именно с окончанием -а. Это не делает фамилию редкой, но указывает на её преимущественно русское, православное происхождение, а не на заимствование из восточных языков.