Фамилия Исеевы — одна из тех, что образованы от народной, обиходной формы крестильного имени. В её основе лежит имя Исей, которое возникло как сокращённый или производный вариант библейского имени Исайя. Исайя — имя древнееврейского происхождения, означает «спасение Господне»; в православной традиции это один из ветхозаветных пророков. В русском быту длинные церковные имена часто усекали или смягчали, так и появилось простое и удобное в произношении Исей.

Суффикс -ев указывает на типичную русскую модель образования фамилий: так называемые патронимы, то есть фамилии по отцу. Исеев — буквально «сын Исея». Со временем это указание на родство закрепилось как наследственная фамилия. Модель с суффиксом -ев, а не -ов, здесь закономерна: основа Исей заканчивается на мягкий согласный (й), поэтому по правилам русской грамматики добавляется именно -ев.

Говорить о точном месте и времени возникновения фамилии сейчас сложно. Процесс становления фамилий у разных сословий растянулся на несколько столетий: у крестьян, например, они окончательно закрепились только после отмены крепостного права в XIX веке. Вполне вероятно, что Исеевы могли встречаться в разных регионах России независимо друг от друга, поскольку имя Исей как народная форма не было привязано к одной местности. Стоит отметить, что фамилия довольно редкая, и её носители, скорее всего, связаны между собой не столько общим предком, сколько общим типом именования.