Фамилия Исеев образована от крестильного мужского имени Исайя, которое в переводе с древнееврейского означает «спасение Господне». От полной церковной формы в народе возникло множество производных, и одна из них — Исей — и легла в основу фамилии. Суффикс -ев указывает на принадлежность: потомок человека по имени Исей со временем получил фамилию Исеев. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён на -ей или -ай (Андрей → Андреев, Тимофей → Тимофеев), и здесь она работает так же прямо.

Важно уточнить, что имя Исайя — библейское, его носил один из великих пророков Ветхого Завета. Однако в быту оно редко употреблялось в полной форме: в крестьянской и мещанской среде его сокращали до Исей, Иса, Исак. Поэтому Исеев — не единственная фамилия от этого корня. Рядом стоят Исаев (от Исай или Иса), Исаков (от Исак), а также более редкие Исайкин и Исейкин. Разница в суффиксах отражает, какая именно уменьшительная форма имени закрепилась за предком. Исеев — один из вариантов, который встречается реже, чем массовый Исаев, но чётко указывает на форму Исей.

География бытования фамилии показывает, что она не привязана к одной области. Исеевых можно встретить и в центральных регионах России, и в Поволжье, и на Урале. Это говорит о том, что имя Исей было распространено повсеместно, без узкой локальной привязки. Сословно фамилия не маркирована: её могли носить и крестьяне, и мещане, и духовенство (в среде которого библейские имена особенно ценились). Единственное, что можно сказать с уверенностью: предок носителя фамилии Исеев был крещён и носил имя в честь пророка, а в быту его звали коротко — Исей.