Фамилия Ишаев — тюркского происхождения, и её основа лежит в мужском имени Ишай. В XVI–XVII веках это имя было распространено у казанских татар. По одной из основных версий, Ишай переводится как «множься, приумножайся, увеличивайся в числе» — пожелание, вложенное в имя при рождении.

Есть и более сложное толкование. Имя Ишай могли сложить из двух тюркских корней. Первый — «иш»: слово многозначное, оно означает «четный», «парный», «многочисленный», а также «товарищ», «спутник», «помощник», «ровня», «народ», «семья», «род». Второй компонент — «ай» — тоже богат смыслами: «месяц», «красивый», «ценный», «святой», «чистый», «светлый», «лучистый», «умный», «дорогой», «обильный», «счастливый», «полный». Такая двусоставная модель типична для тюркской антропонимии, где вторая часть часто выступает усилителем или благопожеланием.

Фамилия образована по русской патронимической модели: к основе Ишай добавили суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого или шипящего). Таким образом, Ишаев буквально означает «сын Ишая». Суффикс -ев указывает на то, что фамилия закрепилась в русской среде, вероятно, через документы или переписи, где тюркские имена адаптировали под славянскую словообразовательную норму.

Интересно, что фамилия Ишаев встречается не только у татар, но и у народов Кавказа — например, у чеченцев и ингушей. Там она могла возникнуть независимо от местных именных форм или же быть принесена через контакты с тюркским миром. В любом случае, географическое распространение фамилии говорит о её давней укоренённости в разных регионах.

Сравните с однокоренными фамилиями: Ишаков (от Ишак), Ишмуратов, Ишбулатов — все они построены на тюркских именах с корнем «иш». Но Ишаев стоит особняком: его основа короче и, вероятно, древнее, без дополнительных компонентов, кроме самого имени.

В дореволюционных записях фамилия могла писаться иначе: Ишаевъ, а в ранних метриках — через «ять» или с двойным «и». Но нынешняя форма устойчива и прозрачна для этимологического разбора.