Фамилия Ишаева образована от мужского тюркского имени Ишай, которое, по одной из версий, в переводе на русский язык означает «множься, приумножайся, увеличивайся в числе». Это имя активно употреблялось у казанских татар в XVI - XVII веках. Возможно также, что имя Ишай состоит из двух тюркских слов: существительного «иш» - «четный, парный, многочисленный; товарищ, спутник, друг, помощник; ровня, равноценный, подобный; народ, семья, род» и компонента «ай» - «месяц», «красивый, ценный; святой; чистый, светлый, лучистый; умный; дорогой; обильный; счастливый; полный» и др. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Ишаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.