Фамилия Ишаева — это отчество, образованное от мужского тюркского имени Ишай. В основе лежит не христианское календарное имя, а восточное, что указывает на корни носителей в тюркской среде, прежде всего у казанских татар, где это имя активно употребляли в XVI–XVII веках.

Значение имени Ишай трактуют по-разному. Наиболее прямая версия переводит его с тюркского как «множься, приумножайся, увеличивайся в числе» — пожелание многочисленного потомства. Вторая, более сложная версия разбирает имя на два компонента: «иш» (четный, парный; товарищ, спутник; род, семья) и «ай» (месяц; красивый, ценный, святой, счастливый). Сложение даёт примерно «счастливый спутник» или «ценный помощник», что тоже укладывается в традицию имён-пожеланий.

Суффикс «-ев» в фамилии — стандартный русский патронимический формант, который присоединялся к основам на мягкий согласный. Фамилия Ишаева — женская форма, мужская — Ишаев. Встречается она не только у татар, но и у других народов Поволжья и Приуралья, где были распространены тюркские имена.

Окончательно определить точное место и время возникновения конкретного рода Ишаевых можно только по генеалогическим документам: фамилия формировалась долго и независимо в разных семьях.