Фамилия Ищенков образована от имени или прозвища Ищенко, а тот, в свою очередь, — от имени Ищей. Это одна из тех фамилий, где суффикс -енк- (в украинской традиции указывающий на «маленького» или «сына») перешёл в великорусскую форму с типичным окончанием -ов. То есть Ищенков — это «сын Ищенки», а Ищенко — «сын Ищи». Такой переход (украинское -енко + русское -ов) встречается нечасто, и он выдает географию: фамилия закрепилась на стыке русских и украинских земель, скорее всего, в Курской, Воронежской или Белгородской губерниях, где оседали выходцы с Левобережной Украины.

Исходное имя Ища — это народная, разговорная форма от канонического имени Исай (Исаия). В быту сложные церковные имена часто усекали: Исай превращался в Ищу, как Тимофей — в Тишу, а Евсей — в Евшу. Позже уменьшительный суффикс -енк- добавил оттенок родства: Ищенко — буквально «маленький Ища» или «сын Ищи».

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с прозвищем Ищейка. В древнерусских говорах «ищейка» — сыщик, тот, кто ищет, выслеживает. Прозвище могли дать либо служилому человеку (приставу, сыщику), либо собаке — ищейкой называли охотничью или сторожевую собаку. Но в таком случае фамилия скорее звучала бы как Ищейкин. Вариант Ищенков всё же крепче привязан к имени Исай.

В документах фамилия встречается с XVII века. По переписным книгам, Ищенковы числились среди однодворцев южных окраин — служилых людей, которые несли сторожевую службу на Белгородской засечной черте. Это объясняет, почему фамилия не стала дворянской или купеческой, а осталась крестьянско-однодворческой.

Родственные фамилии того же гнезда: Исаев, Исаков, Ищенко, Ищин. Но Ищенков стоит особняком — как гибридная форма, вобравшая сразу две словообразовательные традиции.