Фамилия Ищенко — классический пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVI–XVII веках распространилась по всей территории современной Украины, а затем и за её пределами. Суффикс -енко в ту эпоху означал «сын» или «потомок», так что Ищенко буквально понималось как «сын Иши». Основа здесь — имя Иша, распространённая в XIII–XVII веках уменьшительная народная форма церковного имени Иосиф. Чередование согласных ш/щ в суффиксе типично для украинской и белорусской ономастики: Иша превратилось в Ищенко, а не, скажем, в Ишенко.

Имя Иосиф пришло в русскую и украинскую культуру из древнееврейского языка, где означало «Божья награда». В православный именник оно вошло в честь нескольких святых: прежде всего Святого праведного Иосифа Прекрасного, жившего за 1700 лет до Рождества Христова, а также преподобного Иосифа Волоцкого, основателя монастыря в Волоколамске и автора книги «Просветитель», направленной против еретиков. В народной среде полное имя быстро сократили до Иша, и именно эта форма стала основой для фамилии.

География бытования фамилии Ищенко традиционно связана с южными и центральными регионами бывшей Российской империи. В Книге памяти Алтайского края упоминаются украинцы Ищенко Свирид Тихонович, родившийся в 1878 году в Таврической губернии, и Ищенко Сергей Клементьевич из Воронежской губернии (1887 год рождения). А в Книге памяти Красноярского края записан Ищенко Сергей Яковлевич, родившийся в 1899 году в Томске. Эти записи показывают, как носители фамилии расселялись по Сибири и Алтаю в ходе переселенческих движений конца XIX — начала XX века.

Таким образом, Ищенко — не прозвищная фамилия, а патронимическая, образованная от канонического имени через его народную форму. Она не связана с ремеслом или внешностью предка, а прямо указывает на его отца: Иша, то есть Иосиф.