Фамилия Ишелин — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную версию. Суффикс -ин указывает на принадлежность «сын такого-то» или «из семьи такого-то», но основа Ишел- не встречается в древнерусских именах или прозвищах. Самое логичное объяснение кроется в топонимике: на карте России есть несколько деревень с названием Ишелино, Ишелиха, Ишели (например, в бывшей Казанской губернии, в Марий Эл и Чувашии). Житель такой деревни получал прозвище Ишеля — «тот, кто из Ишелей», а его потомки уже писались Ишелины. Такая модель образования фамилий от названия места жительства типична для центральной России и Поволжья, где много сел на -и.

Если же отталкиваться от прозвищной версии, то корень Иш- может быть вариантом тюркского Иш (друг, товарищ) или марийского иза — старший брат. В таком случае Ишеля — уменьшительная форма от имени Иш, Ишай или Ишмурза. Но эта гипотеза слабее: фамилии на -ин от тюркских имен обычно выглядят как Ишеев, Ишеков, а суффикс -еля больше характерен для русских диалектных прозвищ. Поэтому вариант с деревней убедительнее.

Интересная деталь: фамилия Ишелин почти не встречается за пределами Поволжья и Урала. В дореволюционных метрических книгах её носители — в основном крестьяне и мещане из Казанской, Вятской и Уфимской губерний. Сословной элиты среди Ишелиных не было, что подтверждает народное, «топонимическое» происхождение: фамилию не жаловали дворянам, а давали по месту жительства. В современной России носителей мало, и фамилия остаётся локальной, не размытой миграцией.