Фамилия Ишукова образована от мужского имени Ишук. У этого имени есть две версии происхождения, и обе ведут в разные культурные традиции.

Первая версия связывает имя Ишук с производной формой имени Иоанн. Иоанн — древнееврейское имя, означающее «Божия благодать, Божья милость». В русском языке это имя дало множество уменьшительных и обиходных вариантов: Иван, Ваня, Иваш, Ишук. Если придерживаться этой версии, основатель рода Ишуковых был человеком простого сословия — в крестьянской и посадской среде такие сокращённые формы имён были обычным делом.

Вторая версия, не менее правдоподобная, выводит имя Ишук из татарского языка. В этом случае в основе лежит слово «иш» — «ровня, товарищ, друг». К нему присоединили уменьшительно-ласкательный аффикс -кай, характерный для тюркских имён. Так появилось имя Ишкай, а Ишук — его дальнейшая производная форма. Эта версия объясняет, почему фамилия Ишукова и её мужской вариант Ишуков встречаются в регионах с сильным татарским влиянием — в Поволжье, Приуралье, на Южном Урале.

Словообразовательная модель проста: к основе Ишук добавили типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность. Фамилия Ишукова — женская форма, то есть потомок человека по имени Ишук. По сути, это ответ на вопрос «чей?»: сын Ишука, дочь Ишука.

Сравните с однокоренными фамилиями: Ишутин, Ишунин, Ишуков — все они восходят к тому же имени, но с разными суффиксами (-ин, -ун, -ов). Это говорит о том, что имя Ишук было распространено и давало жизнь разным фамильным ветвям. Фамилия Ишукова не уникальна по модели, но её корень — с возможной тюркской подкладкой — отличает её от чисто русских «ивановских» фамилий.