Фамилия Ишуков происходит от имени или прозвища Ишук — и здесь есть две основные версии, и обе имеют право на существование. Первая связывает Ишука с производной формой имени Иоанн (в переводе с древнееврейского — «Божия благодать, Божья милость»). Вторая, не менее интересная, выводит Ишука из татарского языка: от слова «иш» (ровня, товарищ, друг) с уменьшительно-ласкательным аффиксом -кай. В таком случае имя Ишкай, а затем и Ишук, означало «дружок» или «товарищ». Обе версии показывают, что фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Ишук добавили суффикс -ов, и потомок человека с таким именем или прозвищем получил фамилию Ишуков.

Словообразовательный разбор здесь прост: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть буквально «сын Ишука». Интересно, что суффикс -ук/-юк в основе (Ишук) характерен для западнорусских и украинских земель, где он часто заменял уменьшительные суффиксы. Это добавляет штрих к географии: носители фамилии могли появиться на стыке русских и тюркских культур, например в Поволжье или Приуралье, где татарские имена легко входили в русскую ономастику.

Фамилия не слишком распространена, что говорит о её локальном происхождении. Встречается в основном в центральной России и в регионах с татарским влиянием. При этом однокоренных фамилий, вроде Ишутин или Ишунин, немного — это подчёркивает, что Ишуков образован от конкретного прозвища, а не от распространённого календарного имени.