Фамилия Ишутов образована от уменьшительной формы Ишута, которая, в свою очередь, восходит к имени Иван. Каноническая форма имени — Иоанн, в переводе с древнееврейского означающая «милость Божья». От имени Иван в русской традиции возникло множество производных и ласкательных вариантов: Ишута — один из них, характерный для северных и центральных говоров. Таким образом, фамилия Ишутов буквально значит «сын Ишуты» или «потомок человека по имени Ишута».

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: к основе Ишут- добавлен патронимический суффикс -ов, который закрепился в русских фамилиях как указание на принадлежность к роду. Такая модель типична для большинства русских фамилий, образованных от личных имён и прозвищ.

Стоит обратить внимание на то, что суффикс -ут- в основе Ишута нередко встречается в древнерусских именах и прозвищах (ср. Ишук, Ишуня). Он придаёт имени оттенок ласкательности или уменьшительности, что типично для народной традиции имяобразования. В ономастических трудах, например в работах Б. Унбегауна, подобные формы рассматриваются как характерный признак разговорной речи, из которой впоследствии и возникли устойчивые фамилии.

Географически фамилия Ишутов встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, что косвенно подтверждает её происхождение от диалектных форм имени Иван. Если ваш предок носил фамилию Ишутов, скорее всего, он был выходцем из крестьянской или мещанской среды, где подобные уменьшительные имена были в ходу до XVII–XVIII веков, пока церковь не начала активно вводить полные канонические имена в обиход.