Фамилия Ишутко — редкий случай, когда при первом взгляде на суффикс напрашивается украинский след, а корень ведёт в другую языковую стихию. -ко — типичный уменьшительный суффикс для украинских и белорусских фамилий (ср. Шевченко, Ковалько). Но основа Ишут- здесь не от украинского слова, а от крестильного имени Иосиф (в народной форме Ишута). В старых русских говорах и в украинском языке Иосиф превращался в Осип, а затем в уменьшительные варианты: Ишута, Ишутка, Ишутко. То есть Ишутко — это «маленький Иосиф» или «сын Иосифа».

Вторая, менее распространённая версия связывает фамилию с тюркским корнем «иш» — «работа, дело». В таком случае Ишутко могло быть прозвищем работящего человека, которое позже закрепилось как фамилия. Однако эта гипотеза слабее: тюркские основы с суффиксом -ут встречаются реже, а суффикс -ко в тюркских фамилиях почти не работает — он славянский по происхождению. Поэтому версия с Иосифом выглядит правдоподобнее.

Географически фамилия Ишутко привязана к западным и южным регионам бывшей Российской империи: чаще всего её встречали в Черниговской, Полтавской и Могилёвской губерниях. Это указывает на среду, где крестьянские и казацкие фамилии образовывались через уменьшительные формы имён. Носители фамилии в XIX веке в основном были государственными крестьянами или мещанами, то есть людьми, чьи предки не принадлежали к дворянству, но имели устойчивую фамилию уже к XVIII столетию.

Интересная деталь: в документах XVIII века встречается написание Ишутка — без конечного -о. Это не ошибка, а отражение живого произношения: в украинских говорах суффикс -ко часто чередовался с -ка, особенно в бытовой речи. Со временем форма Ишутко закрепилась как литературная, а Ишутка осталась в диалектах. Так что если вы встретите человека с фамилией Ишутка — скорее всего, это та же родовая линия, только с иной записью в метриках.

Фамилия не имеет отношения к слову «ишак», как иногда думают: это случайное звуковое совпадение. Корень здесь — имя, а не животное.