Фамилия Ишутин образована от имени Ишута — уменьшительной формы мужского личного имени Иван. Иван, в свою очередь, исторически восходит к каноническому имени Иоанн, которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». От Ивана в русском языке возникло множество уменьшительных форм, и одна из них — Ишута — легла в основу фамилии. Таким образом, потомок человека по имени Ишута со временем стал Ишутиным.

Словообразовательная модель здесь проста и типична: к основе имени (Ишут-) добавили суффикс принадлежности -ин. В русской ономастике суффикс -ин указывает на то, что человек относится к родственникам того, кто назван исходным словом: «чей?» — Ишутин, то есть сын или потомок Ишуты. Такая модель образования фамилий от уменьшительных имён была особенно распространена в XVI–XVII веках среди крестьян и посадских людей, когда полное имя в быту заменяли ласковым или обиходным прозвищем.

У имени Ишута есть параллели и в других славянских языках. Например, белорусская фамилия Ишута или польская Iszuta указывают на то, что уменьшительная форма была известна шире, чем только в великорусской среде. В русских говорах встречались также варианты Ишутка, Ишутко — все они образованы от той же основы.

С географической точки зрения фамилия Ишутин традиционно тяготеет к центральным и южным регионам России. По данным современных исследований, наибольшая концентрация носителей приходится на Тульскую, Рязанскую и Воронежскую области, а также на восток Украины. Это согласуется с историей заселения этих земель: именно здесь в XVI–XVII веках активно формировались фамилии от личных имён и прозвищ.

Одна из редких деталей, которую стоит отметить: Ишутин — фамилия недворянская. В родословных книгах Российской империи она почти не встречается, что говорит о её народном, крестьянском или мещанском происхождении. Никаких известных дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано. Это не делает её менее интересной — напротив, она отражает живую историю простых людей, чьи предки носили имя Ишута и передали его по наследству в виде фамилии.