Фамилия Ишутины — один из примеров того, как от имени Иван возникло множество разговорных и уменьшительных форм, закрепившихся затем в качестве фамилий. В основе здесь лежит имя Ишута — народный вариант канонического Иоанн, которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». Сама фамилия образовалась по стандартной для русских фамилий модели: к основе Ишут- добавился патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Ишутин, то есть сын Ишуты).

Ишута — не единственная производная форма от Ивана. В русской ономастике известен целый ряд подобных образований: Ишуня, Ишутка, Иша. По этой же модели возникли фамилии Ишунов, Ишутов, Ишуков. Однако именно форма на -ин, как в случае с Ишутиными, особенно характерна для северных и центральных регионов России, где патронимический суффикс -ин чаще присоединялся к основам, оканчивающимся на -а, -я.

Сложно сказать, где и когда конкретно фамилия закрепилась впервые: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XV по XVII век, и в разных сословиях шёл неравномерно. Крестьяне, например, могли получить фамилию по имени отца лишь в XIX веке после отмены крепостного права. Поэтому у Ишутиных, как и у многих других, нет одной «точки рождения» — фамилия возникала в разных местах независимо, везде, где жил человек по прозвищу Ишута.