Фамилия Ишутенко построена по украинской модели: суффикс -енко указывает на прямое родство, в данном случае — «сын Ишуты». Такая форма типична для фамилий, которые закрепились на землях современной Украины и юга России в XVI–XVII веках, когда патронимы на -енко вытесняли более древние русские формы на -ов и -ин.

Имя Ишута, от которого всё пошло, — это просторечная, обиходная форма канонического имени Иоанн. В переводе с древнееврейского оно означает «Божия благодать» или «Божья милость». В русской традиции имя Иоанн давало множество уменьшительных вариантов: Иван, Иваш, Ишук, Ишута. Последний хорошо известен по письменным источникам XV–XVI веков. Например, в документах упоминаются помещик Ишута Шишмарев, а также крестьянин Ишута из Новгорода. Это говорит о том, что имя было распространено в разных слоях общества — и среди служилых людей, и среди крестьян.

Словообразовательная цепочка проста: Ишута → Ишутенко. Суффикс -енко здесь несёт значение «маленький», «наследник» или «потомок», поэтому фамилию буквально понимали как «сын Ишуты». Со временем, когда патроним закрепился за семьёй, он перестал указывать на конкретного отца и стал родовым прозванием.

С точки зрения географии, фамилия Ишутенко почти наверняка имеет украинские или южнорусские корни. В центральных и северных областях России предпочли бы форму Ишутин (с суффиксом -ин). Разница в суффиксах — один из маркеров, по которому ономасты определяют региональное происхождение фамилии: -енко указывает на территорию современной Украины, юг Черноземья и Кубань.

Встречаются и другие версии происхождения основы. Некоторые исследователи выводят Ишуту из тюркских языков, где «иш» означает «работа», «дело». Однако эта гипотеза менее убедительна: имя Ишута фиксируется в древнерусских документах задолго до массового тюркского влияния на русскую антропонимию, и его связь с христианским именем Иоанн прослеживается надёжнее.