Фамилия Ишутинов образована от имени Ишута, уменьшительной формы мужского личного имени Иван. Оно исторически восходит к каноническому мужскому личному имени Иоанн, которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ишута, со временем получил фамилию Ишутинов.