Фамилия Ишутинов — один из примеров того, как народная форма крестильного имени обрастала новыми суффиксами и закреплялась в качестве родового прозвания. В её основе лежит имя Ишута — уменьшительная форма от Иван. Иван, в свою очередь, восходит к каноническому Иоанн (от древнееврейского «милость Божья»), но в русской среде дал десятки просторечных вариантов: Ишута, Ишутка, Ишуня. Именно от такой обиходной формы и образована фамилия.

Модель образования здесь двойная. Сначала от имени Иван через усечение основы и добавление суффикса -ут- (-ют-) появилось имя Ишута (ср. Ванюта, Петрута). Такие формы были особенно распространены в северных и центральных говорах. Затем к этому имени присоединили патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Ишутин, то есть сын Ишуты. А третий суффикс -ов, который мы видим в окончательном варианте Ишутинов, — явление более позднее и более книжное. В XIX веке при унификации фамилий в документах к уже существующей форме Ишутин нередко добавляли -ов, чтобы привести её к стандартному «дворянскому» или «мещанскому» облику. Поэтому Ишутинов — это, по сути, «двойной» патроним, который буквально означает «внук Ишуты» или «потомок Ишуты».

Встречается фамилия преимущественно в центральных регионах России и в Поволжье, что косвенно подтверждает её происхождение от имени Иван, самого частого в крестьянской среде. Человек по имени Ишута мог быть крестьянином, ремесленником или церковнослужителем — имя не давало сословной привилегии, а лишь фиксировало родство. Интересно, что аналогичные фамилии с тем же корнем (Ишутин, Ишуткин) встречаются чаще, а форма с суффиксом -ов — более редкая и поздняя. Она могла возникнуть, когда носителя записывали в ревизские сказки или метрики уже по отчеству деда, отсюда и трёхступенчатая структура.