Фамилия Ишуковы (в мужском роде — Ишуков) образована от личного имени Ишук, а оно, в свою очередь, — от крестильного имени Иоанн. Иоанн в переводе с древнееврейского означает «Божья милость», и от него в русском языке возникло множество уменьшительных форм: Иван, Ваня, Иваш, Ишук. Так что самый прямой и распространённый путь фамилии — от разговорного варианта имени Иван, а значит, предки Ишуковых — русские крестьяне или горожане, носившие в быту имя Ишук.

Но есть и другая версия, менее очевидная. Имя Ишук могло возникнуть и на тюркской почве, от татарского слова «иш» — «друг, товарищ, ровня» — с уменьшительным суффиксом -кай. В таком случае первоначально это было прозвище или имя, означавшее «дружок» или «ровнюшка», а фамилия Ишуков указывала бы на родство с человеком, которого так звали в татаро-башкирской среде. Эта гипотеза не противоречит словообразовательной модели: суффикс -ов типичен как для русских, так и для русифицированных тюркских фамилий.

Какая из версий правдоподобнее? Для фамилии Ишуков более вероятно славянское происхождение от имени Ишук (как вариант имени Иван). Тюркская версия возможна, но встречается реже и требует дополнительных региональных подтверждений — например, бытования фамилии в Поволжье или на Урале, где сильны татарские корни. Без географической привязки конкретной семьи надёжнее считать, что Ишуковы — это «Ивановы» в одной из народных форм.