Фамилия Искабаев происходит от тюркского составного имени Искабай. В её основе лежат два компонента: «иск» (в данном контексте — «древний, исток, начало») и «бай» (хозяин, господин, богатый человек). Первая часть восходит к арабскому слову «иск» (любовь, страсть), но в тюркских именах, особенно у башкир и татар, она чаще означает «древний, старый» или «корень, начало». Таким образом, Искабай — это «древний бай», «исконный господин» или, по другой версии, «любимый господин». Имя было популярным в среде башкир, татар и казахов, что и определило географию фамилии.

Фамилия образована по русской патронимической модели с суффиксом -ев, который присоединяли к основам на мягкий согласный или -й. Без него фамилия звучала бы как Искабай (в тюркской среде), а русифицированная форма Искабаев означает «сын Искабая». Это типичный случай, когда тюркское личное имя легло в основу русской по форме фамилии в ходе межэтнических контактов, особенно в Оренбургской, Уфимской губерниях и в Западном Казахстане.

Встречаются варианты написания — Искобаев, Искабай, а также родственные фамилии Искаков, Искалин. Все они восходят к именам с корнем «иск» или «иске» (старый, древний) и суффиксом принадлежности. Носители фамилии Искабаев — чаще всего потомки башкир, татар или казахов, чьи предки носили имя Искабай и получили фамилию при переходе на русскую антропонимическую систему в XIX — начале XX века.