Фамилия Исмаканов образована от тюркского имени Исмакан. Это сложносоставное имя: первая часть восходит к арабскому «Исма» (имя, именование), вторая — к тюркскому «кан» (кровь, род, происхождение). В сумме имя Исмакан можно перевести как «именитый род» или «знатное происхождение». Встречается и другая версия: Исмакан — это диалектная форма имени Исмаил (библейский Измаил), адаптированная под тюркское произношение с добавлением компонента «кан» для усиления значения.

Фамилия строится по типичной для Поволжья и Урала модели: основа Исмакан + русский патронимический суффикс -ов. Это говорит о том, что предок носителя фамилии носил имя Исмакан, а его дети или внуки, переходя на русскую фамильную систему, оформили отчество как фамилию. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Исмакана».

Географически фамилия Исмаканов тяготеет к башкирской и татарской среде. Встречается в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях. Среди казахов распространён вариант Исмаканов с тем же значением, но с иной огласовкой основы. Учитывая, что фамилия не слишком частая, её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких близких родов, где имя Исмакан было родовым или очень популярным в XVIII–XIX веках.

Отдельно стоит отметить, что написание через «а» (Исмаканов, а не Исмаканов) — норма для русской передачи тюркских имён. В документах XIX века могли встречаться варианты Исмаканов, Исмаканов, Исмаканов, но современный стандарт закрепил форму с буквой «а» после «к».