Фамилия Исмакаев образована от мужского тюркского имени Исмакай. В основе лежит имя Исмак, которое с персидского языка переводится как «щедрый». Такое имя могли дать ребенку, желая подчеркнуть его будущее благородство или широту души.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Исмакай добавили русский патронимический суффикс -ев, который указывает на принадлежность («сын Исмакая»). Такой способ оформления тюркских имен — типичное явление для XVI–XVII веков, когда русские фамилии только складывались, а в состав служилого дворянства активно вливались выходцы из Орды, от печенегов и половцев.

Историки связывают появление фамилии Исмакаев с восточным происхождением родоначальника. Сведения о том, что предки носителей фамилии были нерусскими по крови, подтверждаются самим именем — оно нехарактерно для славянского именослова. В тот период многие дворянские роды России вели начало от ордынских мурз и татарских князей, переходивших на русскую службу и получавших поместья. Фамилия Исмакаев — один из таких «замечательных памятников восточной письменности и культуры», сохранивший в себе память о кочевых корнях и тюркском прошлом.

Исмакаевы не принадлежали к числу самых известных аристократических фамилий, но их родословная уходит в XV–XVII века, что делает её ценной для тех, кто изучает историю тюркского влияния на русскую знать. Географически фамилия чаще встречается в регионах с сильным татарским и башкирским населением — в Поволжье и на Урале, что подтверждает её восточные истоки.