Фамилия Исмаков образована от личного имени Исмак. В переводе с персидского оно означает «щедрый»: нарекая так сына, родители желали ему широкой души и готовности делиться. Словообразовательная модель проста: к основе Исмак прибавили русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Исмака). Так фамилия закрепилась за потомками человека по имени Исмак.

Существует и вторая версия происхождения. Имя Исмак могли использовать как диалектную, упрощённую форму древнееврейско-арабского имени Исмагил (Исмаил). В этом значении оно трактуется как «Аллах всё слышит». Обе гипотезы не противоречат друг другу: в тюрко-татарской среде, где фамилия распространена, имя Исмак могло быть и самостоятельным (с персидским значением), и сокращением от Исмагила.

Фамилия типична для регионов с тюркским и мусульманским населением — Татарстана, Башкортостана, отчасти Казахстана. В русском контексте она оформлена по стандартной модели крестьянских и мещанских фамилий: суффикс -ов указывает, что предок нёс имя, а не прозвище. Другие варианты написания (Исмаков, Исмяков) встречаются реже и связаны с особенностями местного произношения.