Фамилия Исмакатов — один из тех случаев, когда географическое происхождение и этническая принадлежность предков определяют разбор почти однозначно, хотя корень и вызывает споры. В ней сразу видна тюркская основа, причём восточного, а не поволжского или крымского ареала. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия русифицирована: её привели к стандартной русской модели притяжательного прилагательного («чей?» — Исмакатов), когда носители вошли в состав Российской империи или попали под влияние русской административной системы.

Основа — Исмакат. Если разбить её на части, первая идёт от арабского имени Исмаил (библейский Измаил, сын Авраама), которое у тюркских народов часто принимало формы Исма, Исмак. Вторая часть — -кат — может быть как уменьшительным тюркским аффиксом (ласкательное или прозвищное окончание, как -кай, -кей), так и самостоятельным словом. В казахском и башкирском языках «кат» означает «слой», «пласт», «документ», но в составе личного имени это маловероятно. Более правдоподобна версия, что Исмакат — это диалектное или стяжённое произношение от Исмагзат или Исмагузат, где «гузат» или «гзат» восходит к персидскому «гизат» (драгоценность, ценность). Тогда имя Исмакат переводится как «драгоценный Исмаил», что типично для составных имён в исламской традиции.

Самый вероятный этнический источник фамилии — казахи или башкиры. Фамилия Исмакатов встречается прежде всего в западном Казахстане (Актюбинская, Западно-Казахстанская области) и в прилегающих районах Оренбуржья. У башкир форма Исмакатов тоже фиксируется, но реже. Социальная среда — скорее всего, потомки кочевников-скотоводов, получившие фамилию при переписях конца XIX — начала XX века. Дворянского происхождения фамилия не имеет: у тюркских народов фамилии в русском понимании появились поздно, и Исмакатов — типичная фамилия «по отцу», то есть патроним, закреплённый за целым родом.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Исмаков, Исмагулов, Исмагилов, Исмаилов) показывает, что Исмакатов стоит особняком из-за редкого компонента -кат. Если Исмагулов — это «сын Исмагула» (Исмаил + Гула — раб божий), то Исмакатов тяготеет к более простой, бытовой форме имени, без религиозно-почтительного эпитета. Это не делает фамилию «ниже» по статусу, но указывает на то, что предок носителя, вероятно, был человеком не из среды учёных или мулл, а из рядовых общинников.