Фамилия Имакаев тюркского происхождения, она образована от диалектного варианта мусульманского мужского имени Иманкул — Имакай. Чтобы понять её значение, нужно разобрать имя-основу на части. Первая часть восходит к древнетюркскому «иман» — «вера в Аллаха». Вторая часть — «кул» — многозначное слово: «раб божий», «товарищ», «спутник», «работник» или «воин». Один из возможных переводов всего имени — «вера раба» (в смысле «раб веры»).

Имя Иманкул было составным и популярным в тюрко-мусульманской среде. Родители, называя так сына, желали ему вырасти настоящим мужчиной и преданным другом — в традиционном обществе эти качества ценились наравне с религиозностью. Со временем полное имя в бытовой речи сократили до формы Имакай, от которой через русский патронимический суффикс -ев и появилась фамилия Имакаев, буквально означающая «потомок Имакая».

Встречаются и другие диалектные варианты того же имени: Имангул, Мангул, Мангуш. Они тоже могли дать начало фамилиям, но Имакаев отличается именно усечённой основой. По модели образования эта фамилия типична для народов Поволжья и Урала — башкир, татар, — где тюркские имена адаптировались к русской фамильной системе через суффиксы -ов/-ев.