Фамилия Имакаева образована от диалектного варианта мусульманского мужского имени Иманкул — Имакай. Это имя имеет сложную тюркскую основу: первая часть «иман» означает «вера в Аллаха», вторая — «кул» переводится как «раб божий», «товарищ», «спутник», «работник» или «воин». Один из возможных переводов имени — «вера раба». Встречаются и другие диалектные формы: Имангул, Мангул, Мангуш. Называя сына Имакаем, родители желали ему вырасти настоящим мужчиной, верным другом и достойным мусульманином — в традиционном обществе, где религия играла огромную роль, это было естественным пожеланием.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Имакай добавлен русский патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Имакаев). Женская форма Имакаева закрепилась в документах, когда фамилии стали передаваться по наследству. Таким образом, родоначальником был человек по имени Имакай, а его потомки получили фамилию, сохранившую память о вере и социальных идеалах предков.