Фамилия Исперова — женская форма, в исходном мужском варианте она звучит как Исперов. Это довольно редкая фамилия, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. Скорее всего, в её основе лежит нецерковное имя или прозвище, которое могло звучать как Испер или Испера. Такие имена давали в русских деревнях по внешним или поведенческим признакам.

Наиболее правдоподобная версия связывает корень с диалектным словом «исперый», которое в некоторых говорах означало «пёстрый», «рябой» или «неоднородный по цвету». Так могли прозвать человека с веснушками, неровным цветом кожи или просто того, кто носил пёструю одежду. В этом случае фамилия образована по стандартной модели: основа на -а (Испера) плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Исперы). Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на твёрдый согласный или -а.

Встречается и другая, менее распространённая гипотеза: что в основе лежит тюркское или арабское имя Испер (вариант Исфар), но она слабая, так как фамилия не фиксируется в регионах с традиционно тюркским населением. География бытования фамилии Исперов/Исперова — преимущественно центральные и южные области России, что подтверждает её русское, диалектное происхождение.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду таких однокоренных, как Испиров (от «испирый» — тот же «пёстрый») или Пестров. Однако Исперова отличается редким корнем, который почти не встречается в других современных фамилиях. Если предки носителя фамилии были крестьянами или посадскими людьми, то прозвище Испера могло закрепиться за ними в документах XVII–XVIII веков как уличное имя, а затем перейти в наследственную фамилию. Сословная принадлежность, скорее всего, была крестьянской или мещанской — дворянские фамилии с таким корнем не зафиксированы.