Фамилия Истигешев — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской или тюркской интерпретации без привлечения диалектной лексики. В ней отчётливо выделяется суффикс -ев, типичный для русских фамилий, образованных от имён или прозвищ на мягкий согласный. Сама же основа — Истигеш — явно не русского происхождения.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В них есть корень, восходящий к слову «истиг» или «истик» — в ряде тюркских наречий (например, в некоторых диалектах татарского или башкирского) так называли вертел, остриё, а в переносном смысле — человека с острым языком или колким характером. Суффикс -еш/-иш в тюркских именах часто придаёт уменьшительный или ласкательный оттенок, то есть Истигеш могло быть прозвищем вроде «Остриё» или «Колкий». Фамилия Истигешев, таким образом, означает «потомок Истигеша», то есть человека, получившего такое прозвище.

Менее убедительна, но допустима версия, что в основе лежит личное имя Истигеш, которое могло быть искажённой формой арабского имени Истикбаль (будущее, встреча) или Истигфар (прощение). Однако фонетически переход «кб» в «г» и «ль» в «ш» маловероятен, поэтому эта гипотеза остаётся слабой.

Регионально фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону, в первую очередь к Башкортостану и Татарстану, где тюркские прозвища часто становились основой для русских по форме фамилий. Встречается она и у сибирских татар, что указывает на возможное расселение носителей в ходе миграций.

Интересная деталь: написание фамилии устойчиво — с буквой «И» в начале и суффиксом -ев, а не -ов. Это говорит о том, что прозвище Истигеш осознавалось как основа на мягкий согласный (ш), поэтому фамилия оформлялась по модели «Илья — Ильин», а не «Пётр — Петров». Если бы основа звучала как «Истигеш», но с твёрдым произношением, мы бы получили Истигешев, а не Истигешов — именно это и закрепилось в документах.