Фамилия Иткенова — женская форма, мужской вариант — Иткенов. Одна из тех фамилий, где ясна основа, но неочевидна география. Самое вероятное объяснение — тюркское происхождение. Основа «иткен» (или «иткен») в ряде тюркских языков (татарском, башкирском, казахском) восходит к глаголу со значением «делать», «творить», «создавать». Соответственно, Иткен могло быть личным именем или прозвищем, которое давали деятельному, работящему человеку, «делателю». В ономастике такие «глагольные» прозвища встречаются, хотя и реже, чем имена от существительных.

Модель образования типична для тюркских фамилий, адаптированных русской системой: к основе на согласный добавляется русский патронимический суффикс -ов/-ев (в женском роде -ова). То есть фамилия Иткенов буквально означает «потомок Иткена». Суффикс -кен в основе может быть уменьшительным или ласкательным аффиксом, что делает имя Иткен производным от более короткого корня «ит» (собака) или от «ит» в значении «делай» — второй вариант для прозвища правдоподобнее.

Спорный момент — корень «ит». В некоторых тюркских диалектах «ит» — это «собака», и Иткен могло быть прозвищем, данным за внешнее сходство или поведение. Однако в фамилиях, образованных от «собачьих» основ (например, Итбаев), обычно сохраняется прямое значение. Здесь же суффикс -кен скорее указывает на действие, а не на животное. Поэтому версия с «делателем» выглядит убедительнее.

Регионально фамилия Иткенова встречается в Западном Казахстане, в Оренбургской области России, а также среди татар и башкир. Это не массовая фамилия, что говорит о её относительно позднем закреплении или узком ареале бытования. В дореволюционных метрических книгах она могла записываться через «е» или «ё» — Иткенёв, но современная норма закрепила вариант с «е».

Сословно предки Иткеновых, скорее всего, были из крестьян или казахов-скотоводов, получивших фамилию при переписях XIX — начала XX века. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано.