Фамилия Ивахоненкова восходит к каноническому мужскому личному имени Иоанн (в переводе с древнееврейского – «милость Божья»). Фамилии с основой Иван- одни из самых распространенных у русских, так как имя Иван на протяжении нескольких столетий (с XVI по XIX в.) оставалось самым частым: среди крестьянства его носили от 15 до 25% всех мужчин. Суффикс –енко в составе фамилии свидетельствует о ее восточно-украинском происхождении.