Каноническое мужское личное имя Иоанн в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». От него было образовано множество производных разговорных форм, одна из которых — Иванюга — и легла в основу данной фамилии. Известно, что в древней Иудее это имя произносилось как Йоханаан.